Katedra Ekologii Roślin powstała decyzją Senatu Uniwersytetu Gdańskiego z dn. 25.11.1999 r., na wniosek ówczesnego kierownika Katedry Ekologii Roślin i Ochrony Przyrody, skierowany do Rady Wydziału Biologii, Geografii i Oceanologii UG. Wydzielenie się dwóch jednostek organizacyjnych: Katedry Ekologii Roślin oraz Katedry Taksonomii Roślin i Ochrony Przyrody było wynikiem rozwoju kadrowego, naukowego, dydaktycznego i organizacyjnego Katedry Ekologii Roślin i Ochrony Przyrody, utworzonej i przez wiele lat kierowanej przez panią prof. dr hab. Hannę Piotrowską.
Katedrę powołano w związku z rosnącym zainteresowaniem monitorowaniem, modelowaniem, diagnozowaniem i odtwarzaniem środowisk przyrodniczych, zarówno tych współczesnych, jak i dawnych (historycznych i paleośrodowisk), w oparciu o naukowe podstawy ekologii roślin, palinologii, paleoekologii i archeobotaniki. Konsekwencją obranego profilu naukowego Katedry było utworzenie w jej obrębie dwóch jednostek organizacyjnych:
PRACOWNI EKOLOGII WÓD SŁODKICH oraz
PRACOWNI PALEOEKOLOGII I ARCHEOBOTANIKI.
Wspólną płaszczyzną zainteresowań naukowych obu zespołów badawczych są procesy ekologiczne i przemiany wybranych ekosystemów, zarówno naturalnych, jak i kulturowych, w różnych skalach czasu.
